rSNP_Repotr: P0rSNP0J0001

rSNP_Guide							rSNP_Tools								Home									Help
rSNP_Report: P0rSNP0J0001
Mutation -14T/C in human protein C gene promoter reduces a basal transcription of the CAT-reporter promoter-recombinant construct containing this promoter in HepG2 cells
rSNP_DB: rSNP0J0001
SYSTEM: T0rSNP0J0001
SYSTEM: T0rSNP0J0001a
TF-site Score			WT					-14T/C				Euclidean distances									Student's t-scaled similarity
MATRIX tools			(+)		(-)			(+)		(-)		X++		X+-			X-+		X--		X++	X+-			X-+		X--		Result
1	AP-1		-0,3		-0,2			0,3		-0,2		1.81		1.37			1.41		0.78		-0.80	-0.63			-0.65		0.19
2	ATF		-0,4		-0,4			-0,4		-0,6		2.11		1.47			1.52		0.19		-1.10	-0.73			-0.76		0.77
3	c-Fos		0,2		0			0,1		0		1.28		0.99			1.28		0.98		-0.28	-0.25			-0.51		-0.02
4	c-Jun		-0,2		-0,2			-0,2		-0,2		1.72		1.25			1.25		0.42		-0.72	-0.51			-0.49		0.54
5	c-Myb		-0,2		-0,3			-0,2		-0,3		1.81		1.23			1.37		0.33		-0.80	-0.49			-0.60		0.63
6	COUP		-0,8		-0,3			-0,6		-0,5		2.35		1.90			1.46		0.46		-1.35	-1.16			-0.70		0.50
7	CP-1		-0,4		0,1			-0,3		0		1.69		1.57			0.91		0.66		-0.69	-0.83			-0.14		0.30
8	CRE-BP1		-0,3		-0,5			-0,3		-0,5		2.07		1.34			1.59		0.20		-1.06	-0.60			-0.83		0.76
9	CREB		-0,2		-0,2			-0,1		-0,3		1.73		1.23			1.29		0.44		-0.72	-0.49			-0.53		0.52
10	E2		-0,6		-1			-0,8		-0,8		2.80		1.92			2.20		0.83		-1.80	-1.18			-1.43		0.13
11	E2F		-0,8		-0,4			-0,7		-0,6		2.46		1.94			1.60		0.52		-1.46	-1.20			-0.84		0.44
12	EN		0,3		0,1			-0,1		0,3		1.18		1.12			1.22		1.17		-0.18	-0.38			-0.46		-0.20
13	ER		0		-0,5			-0,2		-0,2		1.82		1.04			1.58		0.51		-0.82	-0.31			-0.82		0.45
14	Ets		-0,5		-0,3			-0,2		-0,3		2.02		1.52			1.35		0.28		-1.01	-0.78			-0.59		0.69
15	GAGA		-0,6		0			-0,6		0,1		1.98		1.83			1.04		0.71		-0.98	-1.09			-0.28		0.25
16	GAL4		-0,8		-0,2			-0,6		-0,1		2.25		1.93			1.28		0.57		-1.24	-1.19			-0.52		0.39
17	GATA		0		0,3			-0,6		0,1		1.36		1.42			0.83		0.93		-0.36	-0.68			-0.07		0.03
18	GR		-0,6		-0,5			-0,2		0		2.20		1.67			1.53		0.51		-1.20	-0.93			-0.76		0.46
19	HNF1		0,9		0,9			0,5		0,5		0.72		1.67			1.67		2.25		0.28	-0.93			-0.91		-1.29		X++
20	HNF3		-0,3		-0,2			-0,2		-0,4		1.82		1.33			1.29		0.32		-0.82	-0.59			-0.52		0.65
21	HSF		-0,6		-0,5			-0,7		-0,5		2.36		1.75			1.62		0.37		-1.35	-1.01			-0.86		0.59
22	IRF-1		-0,3		-0,2			-0,3		-0,4		1.84		1.35			1.27		0.26		-0.83	-0.61			-0.51		0.70
23	MEF-2		-0,2		-0,1			-0,4		0		1.68		1.36			1.12		0.55		-0.67	-0.63			-0.36		0.41
24	MyoD		-0,9		-0,5			-0,6		-0,5		2.54		2.00			1.67		0.54		-1.54	-1.26			-0.90		0.42
25	NF-E2		-0,4		-0,1			-0,4		0,1		1.83		1.57			1.10		0.60		-0.82	-0.83			-0.34		0.37
26	NF-IL6		0,5		0,2			0,5		0,2		1.09		1.11			1.53		1.55		-0.08	-0.37			-0.76		-0.59
27	NF-kB		-0,3		-0,2			-0,4		-0,1		1.82		1.41			1.21		0.39		-0.81	-0.67			-0.45		0.57
28	OCT		0		-0,2			-0,2		-0,6		1.69		1.06			1.42		0.54		-0.68	-0.32			-0.65		0.42
29	PR		-0,4		-0,3			0		0,2		1.92		1.53			1.38		0.74		-0.92	-0.79			-0.61		0.22
30	RAR		0		-0,1			0		-0,2		1.50		1.07			1.26		0.69		-0.50	-0.33			-0.50		0.27
31	RF-X		-0,8		-0,8			-0,4		-0,8		2.70		1.92			2.01		0.68		-1.69	-1.19			-1.24		0.28
32	RXR		-0,3		-0,4			-0,4		-0,6		2.04		1.37			1.53		0.22		-1.04	-0.63			-0.76		0.74
33	Sp-1		-0,5		-1			-0,4		-0,9		2.69		1.73			2.20		0.77		-1.68	-0.99			-1.43		0.19
34	SRF		-0,4		-0,5			-0,4		-0,2		2.10		1.47			1.51		0.23		-1.10	-0.73			-0.75		0.73
35	T3R		-0,3		-0,2			-0,3		-0,1		1.82		1.41			1.21		0.39		-0.81	-0.67			-0.45		0.57
36	TCF-1		-0,2		-0,4			0,2		-0,5		1.92		1.22			1.62		0.65		-0.92	-0.48			-0.86		0.31
37	TTF-1		-0,4		-0,4			-0,4		-0,5		2.08		1.46			1.49		0.09		-1.08	-0.72			-0.72		0.87
38	USF		-0,7		-0,3			-0,7		-0,3		2.27		1.84			1.40		0.44		-1.27	-1.11			-0.63		0.52
39	YY1		0,1		-0,4			0,3		-0,4		1.74		0.95			1.70		0.87		-0.73	-0.21			-0.93		0.09
DNA/protein-Binding		WT				-14T/C					Robustness		SL			CL		UPGA		WPGA			UPCA			WPGA		WM
		1				0					D2		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1
X-site		(+)		(-)		(+)			(-)		ED		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1
X++		1		1		0			0		MD		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1
X+-		1		-0,41		0			-0,41		CD		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1
X-+		-0,41		1		-0,41			0		W		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1
X--		-0,41		-0,41		-0,41			-0,41		PrI		HNF1			HNF1		HNF1		HNF1			HNF1			HNF1		HNF1