rSNP_Report: P0rSNP0J0005

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rSNP_Report: P0rSNP0J0005
Both 296A/C and (288C/G & 296A/C) alleles in the intron #2 of the mouse K-ras gene eliminate the WT-associated band of gel mobolity shift assay
rSNP_DB: rSNP0J0005
SYSTEM: T0rSNP0J0005
SYSTEM: T0rSNP0J0005a
TF-site Score			WT				296A/C					288C/G&296A/C				Euclidean distances								Student's t-scaled similarity
MATRIX tools			(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		X++			X+-		X-+		X--	X++		X+-		X-+		X--	Result
1	AP-1		-0,3		-0,4		-0,3			-0,3		-0,6		-0,2		2.06			1.50		1.47		0.41	-0.55		-0.97		-0.90		0.57
2	ATF		-0,5		-0,7		-0,4			-0,2		-0,3		-0,2		2.34			1.64		1.73		0.47	-0.83		-1.12		-1.17		0.50
3	c-Fos		0,1		-0,4		0,3			-0,4		0,2		-0,4		1.75			0.88		1.93		1.21	-0.24		-0.36		-1.37		-0.23
4	c-Jun		-0,3		-0,2		-0,2			-0,1		-0,1		-0,2		1.80			1.42		1.31		0.70	-0.29		-0.89		-0.74		0.28
5	c-Myb		0,8		-0,6		0,5			-0,6		0,4		-0,2		1.85			0.75		2.49		1.83	-0.34		-0.22		-1.93		-0.86
6	COUP		-0,7		-0,4		-0,5			-0,4		-0,4		0,1		2.31			1.88		1.48		0.62	-0.80		-1.36		-0.92		0.35
7	CP-1		0,1		-0,4		-0,1			-0,4		0		-0,4		1.76			0.91		1.71		0.82	-0.25		-0.39		-1.15		0.16
8	CRE-BP1		-0,4		-0,2		-0,6			0		-0,6		-0,1		2.03			1.76		1.22		0.67	-0.52		-1.24		-0.66		0.30
9	CREB		-0,3		-0,6		-0,4			-0,6		-0,3		-0,5		2.26			1.41		1.80		0.31	-0.75		-0.89		-1.23		0.67
10	E2		-0,4		-0,6		-0,3			-0,6		-0,5		-0,7		2.39			1.55		1.85		0.36	-0.88		-1.03		-1.29		0.62
11	E2F		-0,9		-0,8		-0,5			-0,5		-0,9		-0,5		2.90			2.19		2.03		0.71	-1.39		-1.67		-1.47		0.26
12	EN		-0,5		0,1		-0,6			-0,5		-0,7		-0,5		2.10			1.85		1.18		0.63	-0.59		-1.33		-0.61		0.35
13	ER		-0,7		-0,5		-0,9			-0,4		-0,4		-0,4		2.54			1.97		1.68		0.51	-1.03		-1.44		-1.12		0.46
14	Ets		0,0		-0,9		0,4			-0,9		0,3		-0,8		2.51			1.32		2.57		1.43	-1.00		-0.80		-2.00		-0.45
15	GAGA		-1		-0,2		-0,9			0,2		0,1		0,2		2.52			2.40		1.52		1.32	-1.01		-1.88		-0.96		-0.34
16	GAL4		0,2		-0,8		0,2			-0,8		0,3		-0,6		2.24			1.01		2.39		1.30	-0.73		-0.49		-1.82		-0.33
17	GATA		-0,3		1		-0,6			0,4		-0,6		0,3		1.63			2.42		0.56		1.87	-0.12		-1.90		0.01		-0.90	X-+
18	GR		-0,8		-0,2		-0,4			-0,1		0		0		2.20			1.95		1.33		0.86	-0.69		-1.43		-0.77		0.11
19	HNF1		-0,4		-0,5		-0,5			-0,6		-0,6		-0,8		2.41			1.65		1.81		0.40	-0.90		-1.12		-1.24		0.57
20	HNF3		-0,4		-0,4		0,2			-0,5		0		-0,6		2.14			1.42		1.79		0.82	-0.63		-0.90		-1.23		0.15
21	HSF		-0,9		-0,4		0,4			-0,1		0,1		-0,1		2.40			2.01		1.80		1.23	-0.89		-1.49		-1.23		-0.25
22	IRF-1		-0,7		0,3		-0,4			0,6		0		0,6		2.06			2.42		1.22		1.76	-0.56		-1.90		-0.65		-0.79
23	MEF-2		-0,4		-0,5		-0,8			-0,5		-0,9		-0,4		2.46			1.85		1.72		0.56	-0.96		-1.33		-1.16		0.41
24	MyoD		0,3		-0,6		0,2			-0,5		0		-0,4		1.87			0.74		2.05		1.12	-0.36		-0.22		-1.48		-0.14
25	NF-E2		-0,6		-0,2		-0,9			-0,2		-0,4		-0,2		2.25			1.93		1.32		0.65	-0.74		-1.41		-0.75		0.33
26	NF-IL6		-0,5		-0,8		-0,4			-0,5		-0,4		-0,4		2.49			1.64		1.91		0.36	-0.99		-1.12		-1.35		0.62
27	NF-kB		-0,8		-0,4		-0,5			-0,3		0,4		-0,2		2.42			1.92		1.75		0.94	-0.91		-1.40		-1.19		0.03
28	OCT		-0,4		-0,1		-0,4			-0,1		-0,4		-0,1		1.87			1.63		1.11		0.63	-0.37		-1.11		-0.55		0.34
29	PR		-0,4		-0,4		-0,4			-0,4		0		0,2		2.07			1.60		1.54		0.81	-0.56		-1.08		-0.98		0.16
30	RAR		-0,4		-0,1		-0,4			-0,2		0		-0,1		1.84			1.56		1.22		0.74	-0.33		-1.04		-0.65		0.24
31	RF-X		-0,5		-0,9		-0,5			-0,6		-0,7		-0,5		2.69			1.79		2.07		0.52	-1.18		-1.27		-1.50		0.45
32	RXR		-0,3		-0,8		-0,2			-0,8		-0,2		-0,2		2.39			1.44		2.02		0.68	-0.88		-0.92		-1.45		0.30
33	Sp-1		-1		-0,3		-1			-0,1		-1		-0,4		2.80			2.48		1.65		1.02	-1.30		-1.96		-1.09		-0.04
34	SRF		-0,3		-0,1		-0,6			-0,5		-0,4		-0,3		1.94			1.54		1.26		0.45	-0.43		-1.02		-0.70		0.52
35	T3R		-0,5		-0,1		-0,5			0		-0,2		0		1.94			1.76		1.13		0.79	-0.43		-1.24		-0.57		0.19
36	TCF-1		-0,8		-0,1		-0,8			-0,2		0,3		-0,2		2.29			2.06		1.45		1.04	-0.79		-1.54		-0.88		-0.06
37	TTF-1		-0,5		0,1		-0,5			0,1		-0,5		-0,2		1.90			1.86		0.93		0.84	-0.39		-1.33		-0.36		0.14
38	USF		-0,3		-0,2		-0,2			-0,2		0		0		1.79			1.44		1.34		0.81	-0.28		-0.92		-0.77		0.17
39	YY1		-0,9		0		-0,8			0		-0,2		0,1		2.30			2.24		1.18		1.06	-0.79		-1.72		-0.61		-0.08
DNA/protein-Binding		WT				296A/C					288C/G&296A/C				Robust		SL			CL		UPGA		WPGA			UPCA		WPGA			WM
		1				0					0				D2		GATA			GATA		GATA		GATA			GATA		GATA			GATA
X-site		(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		ED		GATA			GATA		GATA		GATA			GATA		GATA			GATA
X++		1		1		0			0		0		0		MD		GATA			GATA		GATA		GATA			GATA		GATA			GATA
X+-		1		-0,46		0			-0,46		0		-0,46		CD		GATA			GATA		GATA		GATA			GATA		GATA			GATA
X-+		-0,46		1		-0,46			0		-0,46		0		W		GATA			GATA		GATA		GATA			GATA		GATA			GATA
X--		-0,46		-0,46		-0,46			-0,46		-0,46		-0,46		PrI		EN			EN		EN		EN			EN		EN			EN