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rSNP_Report: P0rSNP0J0007

Mutation -94C/G in the Factor VII gene promoter eliminates
one band of the gel mobility shift assay with HeLa nuclear extract

rSNP_DB: rSNP0J0007

SYSTEM: T0rSNP0J0007

SYSTEM: T0rSNP0J0007a

TF-site Score

WT

-94C/G

Euclidean distances

Student's t-scaled similarity

MATRIX tools

(+)

(-)

(+)

(-)

X++

X+-

X-+

X--

X++

X+-

X-+

X--

Result

1

AP-1

-0,3

0,4

-0,3

0,3

1.49

1.80

0.73

1.24

-0.27

-1.53

-0.31

0.18

 

2

ATF

-0,3

0,1

-0,3

0,1

1.61

1.58

0.95

0.89

-0.39

-1.31

-0.53

0.53

 

3

c-Fos

0,5

0,2

0,7

0,4

1.24

1.43

1.80

1.93

-0.02

-1.16

-1.38

-0.51

 

4

c-Jun

0,5

0,2

0,7

0,4

1.24

1.43

1.80

1.93

-0.02

-1.16

-1.38

-0.51

 

5

c-Myb

0,4

-0,3

0,6

-0,3

1.58

0.89

1.95

1.45

-0.36

-0.63

-1.53

-0.03

 

6

COUP

0,3

-0,7

0

-0,7

1.97

0.76

2.07

0.98

-0.75

-0.49

-1.65

0.44

 

7

CP-1

0,2

-0,4

-0,2

-0,3

1.65

0.85

1.62

0.79

-0.43

-0.59

-1.21

0.63

 

8

CRE-BP1

-0,3

-0,2

-0,4

0

1.81

1.48

1.22

0.62

-0.59

-1.21

-0.81

0.80

 

9

CREB

0

0,1

0,1

0,1

1.35

1.31

1.19

1.15

-0.13

-1.05

-0.78

0.27

 

10

E2

-0,2

-0,4

0,1

-0,3

1.87

1.22

1.58

0.71

-0.65

-0.96

-1.17

0.71

 

11

E2F

-0,7

-0,3

-0,5

-0,3

2.22

1.79

1.35

0.35

-1.00

-1.53

-0.93

1.07

 

12

EN

-0,5

-0,4

-0,5

-0,4

2.15

1.59

1.46

0.14

-0.93

-1.32

-1.04

1.28

 

13

ER

-0,10

0,20

-0,1

0,2

1.38

1.48

1.00

1.14

-0.16

-1.21

-0.58

0.28

 

14

Ets

0,3

-1

0,2

-1

2.35

1.02

2.48

1.28

-1.13

-0.75

-2.06

0.14

 

15

GAGA

-1

0,7

-0,8

0,7

2.28

2.74

0.96

1.79

-1.06

-2.47

-0.55

-0.37

 

16

GAL4

0,2

-0,9

0,6

-0,8

2.29

1.12

2.44

1.40

-1.07

-0.85

-2.02

0.02

 

17

GATA

-1

0,2

-1

0,2

2.38

2.44

1.09

1.22

-1.16

-2.18

-0.67

0.20

 

18

GR

-0,5

1

-0,5

1

1.87

2.64

1.00

2.12

-0.65

-2.38

-0.59

-0.70

 

19

HNF1

-0,7

-0,9

-0,7

-0,9

2.79

1.92

2.12

0.63

-1.57

-1.66

-1.71

0.79

 

20

HNF3

-0,9

0

-0,9

0

2.33

2.22

1.15

0.91

-1.11

-1.95

-0.73

0.51

 

21

HSF

-0,5

-0,7

-0,5

-0,7

2.42

1.61

1.84

0.28

-1.20

-1.34

-1.42

1.14

 

22

IRF-1

-0,5

-0,4

-0,5

-0,4

2.15

1.59

1.46

0.14

-0.93

-1.32

-1.04

1.28

 

23

MEF-2

-0,7

-0,4

-1

-0,4

2.45

1.98

1.55

0.56

-1.23

-1.71

-1.14

0.86

 

24

MyoD

0,3

-0,7

0,3

-0,7

1.99

0.81

2.16

1.17

-0.77

-0.54

-1.74

0.25

 

25

NF-E2

0,2

0,2

0,2

0,1

1.15

1.24

1.28

1.35

0.07

-0.97

-0.86

0.07

 

26

NF-IL6

-0,4

-0,5

-0,4

-0,5

2.15

1.46

1.59

0.14

-0.93

-1.19

-1.17

1.28

 

27

NF-kB

-0,3

0,2

-0,3

0,2

1.57

1.66

0.87

1.03

-0.35

-1.39

-0.46

0.39

 

28

OCT

-0,5

-0,9

-0,5

-0,6

2.54

1.63

1.99

0.41

-1.32

-1.37

-1.58

1.01

 

29

PR

-0,2

-0,6

-0,5

-0,6

2.15

1.31

1.73

0.33

-0.93

-1.04

-1.32

1.09

 

30

RAR

-0,2

1

-0,3

1

1.59

2.45

1.06

2.15

-0.37

-2.19

-0.65

-0.73

 

31

RF-X

-0,4

0

-0,3

0

1.75

1.60

1.02

0.74

-0.52

-1.33

-0.61

0.68

 

32

RXR

0,5

-0,3

0,5

-0,3

1.51

0.76

1.94

1.44

-0.29

-0.49

-1.53

-0.02

 

33

Sp-1

-0,7

1

-0,7

0,3

1.86

2.50

0.41

1.72

-0.64

-2.23

0.01

-0.30

X-+

34

SRF

-0,6

-0,2

-0,6

-0,2

2.10

1.76

1.22

0.45

-0.88

-1.49

-0.81

0.97

 

35

T3R

-0,2

0,9

-0,2

0,9

1.52

2.32

1.00

2.02

-0.29

-2.05

-0.58

-0.60

 

36

TCF-1

-0,9

-0,3

-0,9

0

2.55

2.26

1.45

0.84

-1.33

-1.99

-1.04

0.58

 

37

TTF-1

-0,3

-0,3

-0,3

-0,3

1.89

1.36

1.36

0.40

-0.66

-1.09

-0.95

1.02

 

38

USF

0

-0,2

0

-0,2

1.57

1.09

1.41

0.82

-0.35

-0.82

-0.99

0.60

 

39

YY1

-0,4

0,4

-0,4

0,7

1.72

2.09

0.93

1.51

-0.50

-1.82

-0.52

-0.09

 

DNA/protein-Binding

WT

-94C/G

Robustness

SL

CL

UPGA

WPGA

UPCA

WPGA

WM

1

0

D2

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

X-site

(+)

(-)

(+)

(-)

ED

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

X++

1

1

-0,50

-0,50

MD

T3R

YY1

T3R

Sp1

T3R

Sp1

GR

X+-

1

-0,50

0

-0,50

CD

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

X-+

-0,50

1

-0,50

0

W

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

Sp1

X--

-0,50

-0,50

-0,50

-0,50

PrI

E2F

E2F

E2F

E2F

E2F

GAGA

MEF-2