Обзор
База данных посттранcкрипционных сигналов экспрессии TRANSIG (TRanslational SIGnals)
предназначена для подбора сигналов, обеспечивающих дополнительный контроль экспрессии трансгена на уровне
трансляции. К числу таких сигналов можно отнести трансляционные энхансеры. База данных содержит
структурированную информацию о локализованных в мРНК трансляционных энхансерах, которые контролируют
экспрессию генов эукариот на посттранскрипционном уровне.
Заполнение базы данных TRANSIG проводится путем аннотации научных публикаций.
Описание потенциального сигнала экспрессии в базе TRANSIG включает разностороннюю информацию:
(1) тип энхансера (например, стресс-специфический), (2) организм; (3) нуклеотидные последовательности,
содержащие потенциальные сигналы, с которыми проводили эксперименты; (4) первичные экспериментальные
данные (относительная активность сигнал-содержащих нуклеотидных последовательностей в эксперименте,
описание параметров эксперимента и ссылка на источник данных (статью)); (5) дополнительные
характеристики потенциальных сигналов (полноразмерные варианты сигнал-содержащих экспериментальных мРНК,
ссылки на базу данных нуклеотидных последовательностей).
База TRANSIG реализована на платформе SRS (Sequence Retrieval System) и состоит из двух слинкованных таблиц OBJECT и ENHANCER, содержащих информацию об исходных мРНК и трансляционных энхансерах. Интерфейс SRS позволяет пользователю использовать гибкую систему запросов для получения разносторонней информации о потенциальных сигналах экспрессии.
TRANSIG_OBJECT
TRANSIG_ENCHANCER