Обзор
База данных TGP (TransGene Promoters) является коллекцией экспериментально проверенных промоторов растений, использованных для экспрессии чужеродных генов в высших растениях. TGP содержит информацию о размере промотора, его нуклеотидной последовательности, паттерне транскрипции и регуляторах, влияющих на активность промотора. При описании промотора приводится название вида растений, использованных для трансгенеза, поскольку вид растения-хозяина влияет на тканеспецифичность и активность чужеродной трансгенной конструкции. Все промоторы в базе TGP сопровождаются ссылками на соответствующие публикации и базу последовательностей GenBank. Для промоторов указаны позиции относительно старта транскрипции или трансляции.
TGP является информационным ресурсом для быстрого поиска нуклеотидных последовательностей, проявляющих специфичную промоторную активность в растениях. Эти данные могут быть использованы для дизайна генетических конструкций при проведении фундаментальных и прикладных исследований. Каждый промотор в базе TGP сопровождается информацией о соответствующем ему гене. Представлены данные об экспрессии гена, что позволяет сравнивать уровень активности и тканевую специфичность промотора в естественном состоянии и в чужеродной среде.
TGP реализуется на платформе SRS (Sequence Retrieval System) и включает в себя три слинкованные таблицы, содержащие информацию о промоторе, его нуклеотидной последовательности и исходном гене.
TGP_PROMOTER
TGP_SEQUENCE
TGP_GENE