База TRANSIG построена на основе системы SRS. Поиск проводится отдельно для таблиц TRANSIG_OBJECT и TRANSIG_ENHANCER.


На странице с типовым описанием структуры полей карточки TRANSIG_OBJECT выбирается кнопка «Search». В открывшемся окне располагается поисковая таблица. Примеры типовых запросов для таблицы TRANSIG_OBJECT:

  • Найти сигналы, локализованные в 5'UTR, 3'UTR или internal fragment (поиск по полю LOCATION);
  • Найти тканеспецифические сигналы (поиск по полям TYPE, KEYWORDS и COMMENT);
  • Найти энхансеры, принадлежащие определенному организму (поиск по полю OS);
  • Найти энхансеры, расположенные в мРНК определенного гена (поиск по полю GENE);
  • Найти энхансеры, выделенные из мРНК с кепом на 5’-конце; (поиск по полю CAP);
  • Найти энхансеры, выделенные из мРНК с поли(А)-участком на 3’-конце; (поиск по полю POLYA);
Если найденный сигнал удовлетворяет требованиям пользователя, нуклеотидная последовательность из поля Sequence карточки TRANSIG_OBJ может в дальнейшем использоваться как специфический сигнал экспрессии при дизайне регуляторных элементов трансгена.

Пример 1

Чтобы найти сигнал по названию гена, в мРНК которого он был обнаружен, в поисковой таблице выберите Gene и введите часть названия гена со звездочкой (чтобы сделать расширенный поиск). Например, ген "alcoholdehydrogenase I" может быть обозначен как ADH1.

Нажав на кнопку Submit Query Вы получите входы в объекты TRANSIG_OBJ:ADHZM3 и TRANSIG_OBJ:ADHZM5.

Пример 2

Чтобы искать сигналы с помощью ключевых слов keywords, мы рекомендуем предварительно просмотреть список ключевых слов. Для этого нажмите Keywords в списке полей таблицы TRANSIG_OBJ, затем введите * и нажмите кнопку List Values.

Вы получите список ключевых слов (около 30).

Выберите интересующее Вас ключевое слово (например, root) и получите соответствующий вход: TRANSIG_OBJ:ATACP25.

Пример 3

Чтобы найти энхансеры, принадлежащие определенному организму, войдите в поле OS на главной странице таблицы TRANSIG_OBJECT. Чтобы просмотреть список организмов, нажмите кнопку List Values.

Пример 4

Чтобы найти сигналы, которые влияют на уровень мРНК в конкретном виде растений и зависят от конкретного регулятора, необходимо провести комплексный поиск. Для этого нажмите кнопку Search на странице с типовым описанием структуры полей таблицы TRANSIG_ENHANCER. Появится страница со стандартной поисковой таблицей.

Из раскрывающегося меню combine searches with выберите AND. В левой части поисковой таблице выберите поле OS. В правой части напишите название вида (например, tobacco). Затем в левом столбце выберите поле KEYWORDS, а в правом напишите соответствующее условие (например, light). Нажмите кнопку Submit Query. Вы получите список сигналов, действие которых зависит от освещения и было изучено в трансгенном табаке: TRANSIG_ENH:PSILRE5a.