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rSNP_Report: P0rSNP0J0002 |
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The -376G/A in human TNF gene promoter produced the novel 95kD complex at MonoMac6 cell nuclear extract |
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| rSNP_DB: rSNP0J0002 | |||||||||||||||||||||||||||||
| SYSTEM: T0rSNP0J0002 | |||||||||||||||||||||||||||||
| SYSTEM: T0rSNP0J0002a | |||||||||||||||||||||||||||||
| TF-site Score | WT | -376G/A | Euclidean distances | Student's t-scaled similarity | |||||||||||||||||||||||||
| MATRIX tools | (+) | (-) | (+) | (-) | X++ | X+- | X-+ | X-- | X++ | X+- | X-+ | X-- | Result | ||||||||||||||||
|
1 |
AP-1 | -0,2 | 0 | -0,3 | -0,3 |
1.85 |
1.39 |
1.33 |
0.53 |
-0.52 |
-0.76 |
-0.58 |
0.23 |
||||||||||||||||
|
2 |
ATF | -0,4 | -0,4 | -0,4 | -0,4 |
2.06 |
1.46 |
1.46 |
0.07 |
-0.73 |
-0.82 |
-0.71 |
0.69 |
||||||||||||||||
|
3 |
c-Fos | -0,1 | -0,2 | -0,1 | -0,3 |
1.72 |
1.14 |
1.40 |
0.55 |
-0.39 |
-0.50 |
-0.65 |
0.22 |
||||||||||||||||
|
4 |
c-Jun | -0,3 | -0,2 | -0,3 | -0,3 |
1.87 |
1.36 |
1.33 |
0.33 |
-0.55 |
-0.72 |
-0.58 |
0.43 |
||||||||||||||||
|
5 |
c-Myb | -0,2 | -0,5 | -0,3 | -0,6 |
2.13 |
1.33 |
1.70 |
0.32 |
-0.80 |
-0.69 |
-0.95 |
0.44 |
||||||||||||||||
|
6 |
COUP | -0,4 | -0,8 | -0,4 | -0,8 |
2.45 |
1.54 |
1.97 |
0.52 |
-1.12 |
-0.91 |
-1.22 |
0.25 |
||||||||||||||||
|
7 |
CP-1 | -0,4 | -0,3 | -0,4 | -0,2 |
1.91 |
1.48 |
1.24 |
0.28 |
-0.58 |
-0.84 |
-0.49 |
0.49 |
||||||||||||||||
|
8 |
CRE-BP1 | -0,5 | -0,5 | -0,5 | -0,5 |
2.24 |
1.58 |
1.58 |
0.13 |
-0.91 |
-0.95 |
-0.83 |
0.64 |
||||||||||||||||
|
9 |
CREB | -0,5 | -0,4 | -0,4 | -0,4 |
2.08 |
1.49 |
1.46 |
0.09 |
-0.75 |
-0.85 |
-0.71 |
0.67 |
||||||||||||||||
|
10 |
E2 | -0,2 | -0,4 | -0,2 | -0,4 |
1.90 |
1.22 |
1.49 |
0.34 |
-0.57 |
-0.58 |
-0.74 |
0.43 |
||||||||||||||||
|
11 |
E2F | -0,3 | -0,7 | 0 | -0,7 |
2.11 |
1.11 |
1.89 |
0.59 |
-0.79 |
-0.47 |
-1.14 |
0.17 |
||||||||||||||||
|
12 |
EN | -0,5 | -0,5 | -0,2 | -0,5 |
2.05 |
1.30 |
1.60 |
0.26 |
-0.72 |
-0.67 |
-0.85 |
0.50 |
||||||||||||||||
|
13 |
ER | -0,4 |
- 0,6 |
-0,6 | -0,5 |
2.31 |
1.66 |
1.62 |
0.24 |
-0.98 |
-1.02 |
-0.87 |
0.52 |
||||||||||||||||
|
14 |
Ets | -0,4 | 0,4 | -0,4 | 0,2 |
1.71 |
1.80 |
0.90 |
1.05 |
-0.38 |
-1.16 |
-0.14 |
-0.29 |
||||||||||||||||
|
15 |
GAGA | -0,5 | 0,2 | -0,7 | 0,2 |
1.95 |
1.99 |
0.87 |
0.94 |
-0.63 |
-1.35 |
-0.12 |
-0.18 |
||||||||||||||||
|
16 |
GAL4 | -0,2 | 0,1 | -0,2 | -0,2 |
1.71 |
1.35 |
1.25 |
0.67 |
-0.38 |
-0.71 |
-0.50 |
0.09 |
||||||||||||||||
|
17 |
GATA | -0,7 | 0,3 | -0,7 | 0,1 |
2.07 |
2.05 |
1.02 |
0.98 |
-0.74 |
-1.41 |
-0.27 |
-0.22 |
||||||||||||||||
|
18 |
GR | -0,9 | 0,1 | -0,8 | 0 |
2.25 |
2.13 |
1.17 |
0.91 |
-0.92 |
-1.49 |
-0.41 |
-0.14 |
||||||||||||||||
|
19 |
HNF1 | -0,7 | -0,9 | -0,7 | -0,8 |
2.73 |
1.93 |
2.05 |
0.70 |
-1.40 |
-1.29 |
-1.30 |
0.07 |
||||||||||||||||
|
20 |
HNF3 | -0,8 | 0,2 | -0,8 | 0,3 |
2.10 |
2.20 |
0.89 |
1.10 |
-0.77 |
-1.56 |
-0.14 |
-0.34 |
||||||||||||||||
|
21 |
HSF | -0,4 | -0,6 | -0,4 | -0,6 |
2.24 |
1.47 |
1.71 |
0.24 |
-0.92 |
-0.84 |
-0.96 |
0.53 |
||||||||||||||||
|
22 |
IRF-1 | -0,7 | -0,4 | -0,5 | -0,4 |
2.20 |
1.66 |
1.48 |
0.28 |
-0.88 |
-1.02 |
-0.73 |
0.49 |
||||||||||||||||
|
23 |
MEF-2 | -1 | -0,3 | -1 | -0,2 |
2.56 |
2.25 |
1.47 |
0.84 |
-1.23 |
-1.62 |
-0.72 |
-0.08 |
||||||||||||||||
|
24 |
MyoD | 0,2 | -0,4 | 0,2 | -0,4 |
1.67 |
0.83 |
1.71 |
0.90 |
-0.35 |
-0.19 |
-0.96 |
-0.14 |
||||||||||||||||
|
25 |
NF-E2 | -0,2 | -0,1 | -0,2 | -0,1 |
1.64 |
1.31 |
1.15 |
0.58 |
-0.31 |
-0.67 |
-0.40 |
0.18 |
||||||||||||||||
|
26 |
NF-IL6 | -0,3 | -0,3 | 0 | -0,1 |
1.55 |
1.11 |
1.23 |
0.58 |
-0.22 |
-0.47 |
-0.48 |
0.18 |
||||||||||||||||
|
27 |
NF-kB | -0,7 | -0,9 | -0,6 | -0,9 |
2.73 |
1.87 |
2.13 |
0.73 |
-1.40 |
-1.23 |
-1.37 |
0.04 |
||||||||||||||||
| 28 | OCT | 0 | -0,3 | 0,5 | -0,2 |
1.33 |
0.57 |
1.61 |
1.07 |
-0.01 |
0.07 |
-0.86 |
-0.30 |
X+- | |||||||||||||||
|
29 |
PR | -0,2 | -0,5 | -0,2 | -0,1 |
1.71 |
1.26 |
1.25 |
0.48 |
-0.39 |
-0.63 |
-0.50 |
0.29 |
||||||||||||||||
|
30 |
RAR | -0,4 | -0,2 | -0,5 | -0,2 |
1.97 |
1.59 |
1.22 |
0.34 |
-0.64 |
-0.95 |
-0.47 |
0.42 |
||||||||||||||||
|
31 |
RF-X | -0,6 | -0,4 | -0,4 | -0,5 |
2.17 |
1.52 |
1.56 |
0.18 |
-0.85 |
-0.89 |
-0.81 |
0.58 |
||||||||||||||||
|
32 |
RXR | -0,6 | -0,5 | -0,6 | -0,6 |
2.39 |
1.72 |
1.69 |
0.29 |
-1.07 |
-1.08 |
-0.94 |
0.47 |
||||||||||||||||
|
33 |
Sp-1 | -0,5 | -0,5 | -0,5 | -0,5 |
2.24 |
1.58 |
1.58 |
0.13 |
-0.91 |
-0.95 |
-0.83 |
0.64 |
||||||||||||||||
|
34 |
SRF | -0,3 | 0,1 | -0,2 | 0,1 |
1.53 |
1.45 |
0.95 |
0.81 |
-0.20 |
-0.81 |
-0.19 |
-0.04 |
||||||||||||||||
|
35 |
T3R | 0,1 | -0,1 | 0,1 | -0,1 |
1.43 |
1.02 |
1.34 |
0.89 |
-0.10 |
-0.39 |
-0.59 |
-0.13 |
||||||||||||||||
|
36 |
TCF-1 | -0,5 | -0,2 | -0,4 | -0,3 |
1.98 |
1.51 |
1.32 |
0.28 |
-0.66 |
-0.87 |
-0.57 |
0.48 |
||||||||||||||||
|
37 |
TTF-1 | -0,4 | -0,6 | -0,4 | -0,6 |
2.24 |
1.47 |
1.71 |
0.24 |
-0.92 |
-0.84 |
-0.96 |
0.53 |
||||||||||||||||
|
38 |
USF | -0,4 | -0,4 | -0,4 | -0,5 |
2.13 |
1.46 |
1.55 |
0.09 |
-0.80 |
-0.82 |
-0.80 |
0.67 |
||||||||||||||||
|
39 |
YY1 | -0,2 | -0,5 | -0,3 | -0,5 |
2.12 |
1.42 |
1.60 |
0.26 |
-0.79 |
-0.78 |
-0.85 |
0.51 |
||||||||||||||||
| DNA/protein-Binding | WT | -376G/A | Robustness | SL | CL | UPGA | WPGA | UPCA | WPGA | WM | |||||||||||||||||||
| 0 | 1 | D2 | OCT | OCT | OCT | MEF-2 | OCT | MEF-2 | OCT | ||||||||||||||||||||
| X-site | (+) | (-) | (+) | (-) | ED | OCT | OCT | OCT | OCT | Ets | OCT | OCT | |||||||||||||||||
| X++ | 0 | 0 | 1 | 1 | MD | MEF-2 | MEF-2 | OCT | OCT | MEF-2 | MyoD | OCT | |||||||||||||||||
| X+- | 0 |
-0,44 |
1 |
-0,44 |
CD | MEF-2 | OCT | OCT | OCT | MEF-2 | OCT | OCT | |||||||||||||||||
| X-+ |
-0,44 |
0 |
-0,44 |
1 | W | OCT | OCT | OCT | OCT | MEF-2 | OCT | OCT | |||||||||||||||||
| X-- |
-0,44 |
-0,44 |
-0,44 |
-0,44 |
PrI | OCT | OCT | OCT | OCT | OCT | OCT | OCT | |||||||||||||||||
