rSNP_Report: P0rSNP0J0004a

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rSNP_Report: P0rSNP0J0004a
WT and two 663G/A and 666G/T alleles of the intron #6 of the human TDO2 gene (tryptophan oxygenase) differ by the WT-associated complex between oligoDNA and liver cell nuclear proteins
rSNP_DB: rSNP0J0004a
SYSTEM: T0rSNP0J0004
SYSTEM: T0rSNP0J0004a
TF-site Score			WT				663G/A					666G/T				Euclidean distances								Student's t-scaled similarity
MATRIX tools			(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		X++			X+-		X-+		X--	X++	X+-			X-+		X--	Result
1	AP-1		-0,2		-0,5		0,4			-0,2		-0,2		-0,6		2.36			1.48		2.06		0.91	-1.21	-0.76			-1.62		0.41
2	ATF		-0,3		-0,1		0,2			-0,1		0		-0,2		1.92			1.54		1.51		0.98	-0.77	-0.83			-1.07		0.35
3	c-Fos		0		-0,2		0			0,5		0,2		0,1		1.71			1.49		1.60		1.36	-0.56	-0.78			-1.16		-0.03
4	c-Jun		-0,1		-0,4		0			0,3		-0,2		-0,2		2.06			1.50		1.69		0.93	-0.91	-0.79			-1.25		0.40
5	c-Myb		0,1		0		0			0,2		0		0,1		1.50			1.37		1.34		1.19	-0.35	-0.65			-0.91		0.14
6	COUP		-0,7		-0,4		-0,4			-0,2		-0,4		-0,6		2.66			1.99		1.81		0.40	-1.51	-1.27			-1.38		0.92
7	CP-1		0,4		0,1		0,4			-0,5		0,3		0		1.37			1.00		1.77		1.50	-0.21	-0.29			-1.33		-0.18
8	CRE-BP1		-0,3		-0,2		-0,1			-0,2		-0,2		-0,3		2.08			1.51		1.51		0.51	-0.92	-0.80			-1.07		0.82
9	CREB		-0,4		-0,3		-0,4			0		-0,4		-0,2		2.26			1.78		1.48		0.48	-1.11	-1.06			-1.04		0.85
10	E2		-0,7		-0,5		-0,6			-0,4		-0,9		-0,4		2.90			2.28		1.89		0.60	-1.75	-1.57			-1.46		0.72
11	E2F		-0,4		-0,7		-0,4			-0,9		-0,4		-0,6		2.80			1.81		2.22		0.60	-1.65	-1.10			-1.78		0.73
12	EN		0,3		0,1		0,1			-0,2		0,4		0,2		1.20			1.09		1.54		1.45	-0.05	-0.38			-1.10		-0.12
13	ER		-0,3		-0,7		-0,4			-0,3		-0,4		-0,7		2.66			1.68		2.11		0.44	-1.51	-0.97			-1.67		0.89
14	Ets		-0,2		0,2		-0,2			0,2		-0,2		0,2		1.66			1.76		0.95		1.12	-0.50	-1.05			-0.51		0.21
15	GAGA		-0,2		-1		0			-1		-0,5		-0,9		3.07			1.84		2.68		1.07	-1.91	-1.12			-2.24		0.25
16	GAL4		-0,4		0,4		-0,1			0,2		-0,4		-0,2		1.92			1.96		0.99		1.08	-0.76	-1.25			-0.56		0.24
17	GATA		1,5		-0,6		1,5			-0,6		0,5		-0,1		2.40			1.63		3.38		2.88	-1.25	-0.92			-2.94		-1.55
18	GR		0,2		-0,5		0,8			-0,6		-0,1		-0,3		2.39			1.58		2.20		1.29	-1.23	-0.87			-1.77		0.04
19	HNF1		-0,1		-0,2		0,1			0,3		-0,2		-0,2		1.93			1.52		1.56		1.00	-0.78	-0.81			-1.12		0.33
20	HNF3		0,5		-0,3		0,5			-0,5		0,5		-0,3		1.75			0.73		2.25		1.59	-0.60	-0.02			-1.82		-0.26
21	HSF		-0,5		-0,4		-0,4			-0,4		-0,5		-0,4		2.52			1.85		1.72		0.13	-1.36	-1.13			-1.28		1.20
22	IRF-1		-0,4		-0,6		-0,2			-0,7		-0,4		-0,7		2.70			1.74		2.13		0.50	-1.55	-1.02			-1.69		0.83
23	MEF-2		0		-0,4		0			-0,3		0		-0,3		1.98			1.13		1.79		0.73	-0.83	-0.42			-1.35		0.60
24	MyoD		-0,2		0,2		-0,1			0,2		-0,2		-0,2		1.76			1.65		1.16		0.99	-0.61	-0.94			-0.73		0.34
25	NF-E2		-0,1		-0,2		-0,1			0,2		-0,1		-0,3		1.92			1.42		1.55		0.85	-0.77	-0.71			-1.12		0.48
26	NF-IL6		0,2		0,1		0,1			0		0,3		0,2		1.26			1.22		1.43		1.39	-0.11	-0.51			-0.99		-0.07
27	NF-kB		-0,6		-0,5		-0,6			-0,8		-0,5		-0,4		2.76			2.02		1.94		0.49	-1.61	-1.31			-1.51		0.84
28	OCT		-0,1		0		-0,2			-0,1		0,1		0,6		1.56			1.64		1.19		1.30	-0.41	-0.93			-0.76		0.03
29	PR		-0,5		0,3		-0,5			0,4		-0,2		0,3		1.92			2.16		0.87		1.32	-0.76	-1.45			-0.43		0.01
30	RAR		0,2		-0,5		0,1			-0,2		0		-0,2		1.92			1.00		1.89		0.95	-0.76	-0.29			-1.46		0.38
31	RF-X		0		-0,4		0,3			-0,4		-0,3		-0,2		2.08			1.33		1.82		0.86	-0.93	-0.62			-1.38		0.47
32	RXR		-0,8		-0,4		-0,4			-0,3		-0,6		-0,4		2.73			2.15		1.75		0.45	-1.58	-1.44			-1.31		0.88
33	Sp-1		-0,6		-1		-0,9			-1		-0,9		-1		3.55			2.52		2.79		1.25	-2.39	-1.81			-2.35		0.08
34	SRF		0,8		0,4		0,9			0,4		0,8		0,4		1.21			1.71		2.28		2.57	-0.06	-0.99			-1.84		-1.25
35	T3R		0,2		-0,6		0,3			-0,2		0		-0,4		2.10			1.03		2.11		1.06	-0.94	-0.32			-1.68		0.26
36	TCF-1		0,3		-0,8		0,3			-0,8		0,3		-0,6		2.39			0.98		2.57		1.36	-1.24	-0.27			-2.13		-0.03
37	TTF-1		-0,4		0		-0,5			0,3		-0,2		0		2.01			1.88		1.18		0.95	-0.86	-1.17			-0.74		0.38
38	USF		-0,2		-0,5		-0,2			-0,5		-0,2		-0,5		2.34			1.41		1.91		0.40	-1.19	-0.70			-1.47		0.93
39	YY1		0,6		-0,8		0			-0,7		0,4		-0,4		2.17			0.64		2.53		1.44	-1.02	0.08			-2.09		-0.12	X+-
DNA/protein-Binding		WT				663G/A					666G/T				Robust		SL			CL		UPGA		WPGA			UPCA		WPGA			WM
		1				0					0,5				D2		YY1			YY1		HNF3		YY1			YY1		YY1			YY1
X-site		(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		ED		YY1			YY1		HNF3		YY1			YY1		HNF3			YY1
X++		1		1		0			0		0,5		0,5		MD		YY1			YY1		YY1		YY1			YY1		YY1			YY1
X+-		1		-0,41		0			-0,41		0,5		-0,41		CD		YY1			HNF3		YY1		YY1			SRF		YY1			YY1
X-+		-0,41		1		-0,41			0		-0,41		0,5		W		YY1			YY1		HNF3		YY1			YY1		HNF3			YY1
X--		-0,41		-0,41		-0,41			-0,41		-0,41		-0,41		PrI		YY1			YY1		YY1		YY1			YY1		YY1			YY1