rSNP_Report: P0rSNP0J0004b

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rSNP_Report: P0rSNP0J0004b
WT and two 663G/A and 666G/T alleles of the intron #6 of the human TDO2 gene (tryptophan oxygenase) differ by the (663G/A)-associated complex between DNA and liver cell nuclear proteins
rSNP_DB: rSNP0J0004b
SYSTEM: T0rSNP0J0004
TF-site Score			WT				663G/A					666G/T				Euclidean distances								Student's t-scaled similarity
MATRIX tools			(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		X++			X+-		X-+		X--	X++	X+-			X-+		X--	Result
1	AP-1		-0,2		-0,5		0,4			-0,2		-0,2		-0,6		1.58			0.73		1.67		0.91	-0.40	-0.02			-1.32		0.19
2	ATF		-0,3		-0,1		0,2			-0,1		0		-0,2		1.26			1.06		1.19		0.98	-0.08	-0.36			-0.83		0.13
3	c-Fos		0		-0,2		0			0,5		0,2		0,1		1.16			1.48		1.01		1.36	0.02	-0.77			-0.65		-0.25
4	c-Jun		-0,1		-0,4		0			0,3		-0,2		-0,2		1.32			1.27		1.00		0.93	-0.14	-0.56			-0.64		0.18
5	c-Myb		0,1		0		0			0,2		0		0,1		1.29			1.35		1.12		1.19	-0.11	-0.64			-0.76		-0.08
6	COUP		-0,7		-0,4		-0,4			-0,2		-0,4		-0,6		2.14			1.64		1.43		0.40	-0.96	-0.93			-1.07		0.70
7	CP-1		0,4		0,1		0,4			-0,5		0,3		0		1.69			1.02		2.02		1.50	-0.51	-0.32			-1.66		-0.40
8	CRE-BP1		-0,3		-0,2		-0,1			-0,2		-0,2		-0,3		1.71			1.20		1.31		0.51	-0.53	-0.50			-0.96		0.60
9	CREB		-0,4		-0,3		-0,4			0		-0,4		-0,2		1.85			1.58		1.06		0.48	-0.67	-0.88			-0.71		0.63
10	E2		-0,7		-0,5		-0,6			-0,4		-0,9		-0,4		2.50			1.97		1.65		0.60	-1.32	-1.26			-1.29		0.50
11	E2F		-0,4		-0,7		-0,4			-0,9		-0,4		-0,6		2.60			1.62		2.11		0.60	-1.42	-0.92			-1.75		0.51
12	EN		0,3		0,1		0,1			-0,2		0,4		0,2		1.60			1.32		1.71		1.45	-0.42	-0.61			-1.35		-0.34
13	ER		-0,3		-0,7		-0,4			-0,3		-0,4		-0,7		2.21			1.55		1.64		0.44	-1.03	-0.84			-1.28		0.67
14	Ets		-0,2		0,2		-0,2			0,2		-0,2		0,2		1.50			1.63		0.92		1.12	-0.32	-0.92			-0.57		-0.01
15	GAGA		-0,2		-1		0			-1		-0,5		-0,9		2.66			1.49		2.46		1.07	-1.48	-0.79			-2.10		0.03
16	GAL4		-0,4		0,4		-0,1			0,2		-0,4		-0,2		1.54			1.61		0.97		1.08	-0.36	-0.91			-0.61		0.02
17	GATA		1,5		-0,6		1,5			-0,6		0,5		-0,1		2.38			1.71		3.33		2.88	-1.20	-1.00			-2.97		-1.78
18	GR		0,2		-0,5		0,8			-0,6		-0,1		-0,3		1.73			0.38		2.12		1.29	-0.55	0.32			-1.77		-0.18	X+-
19	HNF1		-0,1		-0,2		0,1			0,3		-0,2		-0,2		1.20			1.21		0.99		1.00	-0.02	-0.50			-0.63		0.11
20	HNF3		0,5		-0,3		0,5			-0,5		0,5		-0,3		1.78			0.88		2.22		1.59	-0.60	-0.18			-1.86		-0.48
21	HSF		-0,5		-0,4		-0,4			-0,4		-0,5		-0,4		2.18			1.57		1.52		0.13	-1.00	-0.86			-1.16		0.98
22	IRF-1		-0,4		-0,6		-0,2			-0,7		-0,4		-0,7		2.35			1.40		1.95		0.50	-1.17	-0.70			-1.59		0.61
23	MEF-2		0		-0,4		0			-0,3		0		-0,3		1.71			1.01		1.56		0.73	-0.53	-0.31			-1.21		0.38
24	MyoD		-0,2		0,2		-0,1			0,2		-0,2		-0,2		1.42			1.44		0.95		0.99	-0.24	-0.74			-0.59		0.12
25	NF-E2		-0,1		-0,2		-0,1			0,2		-0,1		-0,3		1.41			1.29		1.03		0.85	-0.23	-0.58			-0.67		0.26
26	NF-IL6		0,2		0,1		0,1			0		0,3		0,2		1.41			1.32		1.48		1.39	-0.23	-0.62			-1.12		-0.29
27	NF-kB		-0,6		-0,5		-0,6			-0,8		-0,5		-0,4		2.61			1.82		1.93		0.49	-1.43	-1.12			-1.57		0.62
28	OCT		-0,1		0		-0,2			-0,1		0,1		0,6		1.74			1.66		1.40		1.30	-0.56	-0.95			-1.05		-0.19
29	PR		-0,5		0,3		-0,5			0,4		-0,2		0,3		1.75			2.05		0.77		1.32	-0.58	-1.35			-0.42		-0.21
30	RAR		0,2		-0,5		0,1			-0,2		0		-0,2		1.61			0.97		1.59		0.95	-0.43	-0.27			-1.23		0.16
31	RF-X		0		-0,4		0,3			-0,4		-0,3		-0,2		1.66			0.79		1.69		0.86	-0.48	-0.09			-1.33		0.25
32	RXR		-0,8		-0,4		-0,4			-0,3		-0,6		-0,4		2.23			1.72		1.48		0.45	-1.05	-1.02			-1.12		0.66
33	Sp-1		-0,6		-1		-0,9			-1		-0,9		-1		3.28			2.41		2.55		1.25	-2.10	-1.71			-2.19		-0.14
34	SRF		0,8		0,4		0,9			0,4		0,8		0,4		1.40			1.81		2.31		2.57	-0.22	-1.10			-1.95		-1.47
35	T3R		0,2		-0,6		0,3			-0,2		0		-0,4		1.58			0.78		1.73		1.06	-0.40	-0.08			-1.38		0.04
36	TCF-1		0,3		-0,8		0,3			-0,8		0,3		-0,6		2.22			1.00		2.40		1.36	-1.04	-0.30			-2.04		-0.26
37	TTF-1		-0,4		0		-0,5			0,3		-0,2		0		1.71			1.82		0.74		0.95	-0.53	-1.11			-0.38		0.16
38	USF		-0,2		-0,5		-0,2			-0,5		-0,2		-0,5		2.07			1.24		1.70		0.40	-0.89	-0.54			-1.34		0.71
39	YY1		0,6		-0,8		0			-0,7		0,4		-0,4		2.28			1.32		2.35		1.44	-1.10	-0.62			-2.00		-0.34
DNA/protein-Binding		WT				663G/A					666G/T				Robust		SL			CL		UPGA		WPGA			UPCA		WPGA			WM
		0				1					0				D2		GR			GR		GR		GR			GR		GR			GR
X-site		(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		ED		GR			GR		GR		GR			GR		GR			GR
X++		0		0		1			1		0		0		MD		GR			GR		GR		GR			GR		GR			GR
X+-		0		-0,41		1			-0,41		0		-0,41		CD		GR			GR		GR		GR			GR		GR			GR
X-+		-0,41		0		-0,41			1		-0,41		0		W		GR			GR		GR		GR			GR		GR			GR
X--		-0,41		-0,41		-0,41			-0,41		-0,41		-0,41		PrI		IRF-1			IRF-1		IRF-1		IRF-1			IRF-1		IRF-1			IRF-1