rSNP_Report: P0rSNP0J0004c

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rSNP_Report: P0rSNP0J0004c
WT and two 663G/A and 666G/T alleles of the intron #6 of the human TDO2 gene (tryptophan oxygenase) differ by the 666G/T-associated complex between DNA and liver cell nuclear proteins
rSNP_DB: rSNP0J0004c
SYSTEM: T0rSNP0J0004
SYSTEM: T0rSNP0J0004c
TF-site Score			WT				663G/A					666G/T				Euclidean distances								Student's t-scaled similarity
MATRIX tools			(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		X++			X+-		X-+		X--	X++	X+-			X-+		X--	Result
1	AP-1		-0,2		-0,5		0,4			-0,2		-0,2		-0,6		2.39			1.48		2.09		0.91	-1.28	-0.74			-1.62		0.41
2	ATF		-0,3		-0,1		0,2			-0,1		0		-0,2		1.87			1.44		1.54		0.98	-0.77	-0.71			-1.07		0.35
3	c-Fos		0		-0,2		0			0,5		0,2		0,1		1.56			1.42		1.50		1.36	-0.46	-0.69			-1.04		-0.03
4	c-Jun		-0,1		-0,4		0			0,3		-0,2		-0,2		2.03			1.53		1.63		0.93	-0.93	-0.80			-1.16		0.40
5	c-Myb		0,1		0		0			0,2		0		0,1		1.50			1.40		1.30		1.19	-0.40	-0.66			-0.84		0.14
6	COUP		-0,7		-0,4		-0,4			-0,2		-0,4		-0,6		2.64			1.91		1.87		0.40	-1.54	-1.17			-1.40		0.92
7	CP-1		0,4		0,1		0,4			-0,5		0,3		0		1.44			1.05		1.80		1.50	-0.34	-0.31			-1.33		-0.18
8	CRE-BP1		-0,3		-0,2		-0,1			-0,2		-0,2		-0,3		2.08			1.48		1.54		0.51	-0.97	-0.74			-1.08		0.82
9	CREB		-0,4		-0,3		-0,4			0		-0,4		-0,2		2.24			1.78		1.44		0.48	-1.14	-1.04			-0.98		0.85
10	E2		-0,7		-0,5		-0,6			-0,4		-0,9		-0,4		2.92			2.33		1.86		0.60	-1.82	-1.59			-1.40		0.72
11	E2F		-0,4		-0,7		-0,4			-0,9		-0,4		-0,6		2.78			1.81		2.19		0.60	-1.68	-1.08			-1.73		0.73
12	EN		0,3		0,1		0,1			-0,2		0,4		0,2		1.12			1.04		1.51		1.45	-0.02	-0.31			-1.04		-0.12
13	ER		-0,3		-0,7		-0,4			-0,3		-0,4		-0,7		2.68			1.71		2.11		0.44	-1.58	-0.98			-1.64		0.89
14	Ets		-0,2		0,2		-0,2			0,2		-0,2		0,2		1.66			1.76		0.95		1.12	-0.55	-1.02			-0.49		0.21
15	GAGA		-0,2		-1		0			-1		-0,5		-0,9		3.10			1.92		2.66		1.07	-2.00	-1.18			-2.20		0.25
16	GAL4		-0,4		0,4		-0,1			0,2		-0,4		-0,2		2.07			1.96		1.26		1.08	-0.96	-1.23			-0.80		0.24
17	GATA		1,5		-0,6		1,5			-0,6		0,5		-0,1		2.51			1.92		3.30		2.88	-1.40	-1.18			-2.84		-1.55
18	GR		0,2		-0,5		0,8			-0,6		-0,1		-0,3		2.32			1.55		2.16		1.29	-1.22	-0.81			-1.69		0.04
19	HNF1		-0,1		-0,2		0,1			0,3		-0,2		-0,2		1.96			1.55		1.56		1.00	-0.86	-0.81			-1.09		0.33
20	HNF3		0,5		-0,3		0,5			-0,5		0,5		-0,3		1.75			0.73		2.25		1.59	-0.65	0.01			-1.79		-0.26	X+-
21	HSF		-0,5		-0,4		-0,4			-0,4		-0,5		-0,4		2.52			1.85		1.72		0.13	-1.42	-1.11			-1.25		1.20
22	IRF-1		-0,4		-0,6		-0,2			-0,7		-0,4		-0,7		2.72			1.74		2.15		0.50	-1.62	-1.00			-1.69		0.83
23	MEF-2		0		-0,4		0			-0,3		0		-0,3		1.96			1.13		1.76		0.73	-0.86	-0.39			-1.30		0.60
24	MyoD		-0,2		0,2		-0,1			0,2		-0,2		-0,2		1.87			1.65		1.33		0.99	-0.77	-0.91			-0.86		0.34
25	NF-E2		-0,1		-0,2		-0,1			0,2		-0,1		-0,3		1.95			1.42		1.58		0.85	-0.85	-0.68			-1.12		0.48
26	NF-IL6		0,2		0,1		0,1			0		0,3		0,2		1.18			1.18		1.39		1.39	-0.08	-0.44			-0.93		-0.07
27	NF-kB		-0,6		-0,5		-0,6			-0,8		-0,5		-0,4		2.72			1.99		1.92		0.49	-1.62	-1.26			-1.45		0.84
28	OCT		-0,1		0		-0,2			-0,1		0,1		0,6		1.28			1.58		0.91		1.30	-0.17	-0.84			-0.44		0.03
29	PR		-0,5		0,3		-0,5			0,4		-0,2		0,3		1.84			2.09		0.87		1.32	-0.74	-1.35			-0.40		0.01
30	RAR		0,2		-0,5		0,1			-0,2		0		-0,2		1.89			1.09		1.81		0.95	-0.79	-0.36			-1.35		0.38
31	RF-X		0		-0,4		0,3			-0,4		-0,3		-0,2		2.11			1.44		1.76		0.86	-1.01	-0.70			-1.30		0.47
32	RXR		-0,8		-0,4		-0,4			-0,3		-0,6		-0,4		2.70			2.10		1.75		0.45	-1.59	-1.36			-1.28		0.88
33	Sp-1		-0,6		-1		-0,9			-1		-0,9		-1		3.59			2.58		2.79		1.25	-2.49	-1.84			-2.32		0.08
34	SRF		0,8		0,4		0,9			0,4		0,8		0,4		1.21			1.71		2.28		2.57	-0.11	-0.97			-1.81		-1.25
35	T3R		0,2		-0,6		0,3			-0,2		0		-0,4		2.10			1.12		2.06		1.06	-0.99	-0.38			-1.60		0.26
36	TCF-1		0,3		-0,8		0,3			-0,8		0,3		-0,6		2.35			0.98		2.53		1.36	-1.25	-0.24			-2.07		-0.03
37	TTF-1		-0,4		0		-0,5			0,3		-0,2		0		1.96			1.83		1.18		0.95	-0.86	-1.09			-0.72		0.38
38	USF		-0,2		-0,5		-0,2			-0,5		-0,2		-0,5		2.34			1.41		1.91		0.40	-1.24	-0.67			-1.44		0.93
39	YY1		0,6		-0,8		0			-0,7		0,4		-0,4		2.12			0.78		2.45		1.44	-1.02	-0.04			-1.98		-0.12
DNA/protein-Binding		WT				663G/A					666G/T				Robust		SL			CL		UPGA		WPGA			UPCA		WPGA			WM
		0,5				0					1				D2		GAGA			YY1		HNF3		HNF3			HNF3		HNF3			YY1
X-site		(+)		(-)		(+)			(-)		(+)		(-)		ED		GAGA			YY1		HNF3		HNF3			HNF3		HNF3			HNF3
X++		0,5		0,5		0			0		1		1		MD		HNF3			HNF3		HNF3		HNF3			HNF3		HNF3			HNF3
X+-		0,5		-0,4		0			-0,4		1		-0,4		CD		Sp1			HNF3		SRF		OCT			SRF		SRF			HNF3
X-+		-0,4		0,5		-0,4			0		-0,4		1		W		GAGA			YY1		HNF3		HNF3			HNF3		HNF3			HNF3
X--		-0,4		-0,4		-0,4			-0,4		-0,4		-0,4		PrI		AP-1			YY1		NF-IL6		NF-IL6			EN		YY1			YY1