TGP_PROMOTER накапливает информацию о функционально активных промоторах, опубликованную в научной литературе, и содержит следующие поля:

 

PROMOTER_ID: этот идентификатор является уникальным для базы TGP_ PROMOTER; каждый ID содержит аббревиатуру названия вида, аббревиатуру названия гена и номер промотора;

GENE_ID: перекрестная ссылка на соответствующий GENE_ID в таблице генов TGP_GENE;

TARGET SPECIES: тривиальное и латинское название трансгенного организма, использованного для анализа активности промотора;

LOCALIZATION: поле описывает позиции промотора относительно: 1) старта транскрипции (TSS) или трансляции (TIS) и 2) в соответствии с обозначениями базы последовательностей GenBank;

DESCRIPTION: описание последовательности промотора, использованной в соответствующей трансгенной конструкции;

SEQUENCE_ID: перекрестная ссылка на соответствующий SEQUENCE_ID в таблице TGP_SEQUENCE, содержащей нуклеотидные последовательности фрагментов промоторов;

REPORTER: ген, использованный для оценки активности промотора;

TRANSGENE интересующий ген, экспрессированный под контролем данного промотора;

STAGE_ORGAN_TISSUE: стадия развития, органы, ткани и клетки трансгенного организма, в которых была определена экспрессия промотора;

REGULATOR: индукторы и репрессоры, влияющие на активность промотора;

COMMENT: информация о регулируемых, пространственных и временных паттернах экспрессии промотора;

REFERENCE: библиографическая ссылка;

PUBMED: перекрестная ссылка на базу данных Entrez-PUBMED;

END: конец входа в таблицу TGP_PROMOTER.

 

Пример:

TGP_PROMOTER:Ps:TOP2_P3

PROMOTER_ID Ps:TOP2_P3

GENE_ID Ps:TOP2

TARGET SPECIES mouse-ear cress (Arabidopsis thaliana), tobacco (Nicotiana tabacum)

KEYWORDS stress response, white light-induced, cotyledon, cold-induced, abscisic acid-induced

LOCALIZATION from -362 to +74; GenBank; AF144649; TSS: 609; 247 to 682

DESCRIPTION The regulatory region upstream of the coding part of the reporter gene

included a promoter fragment (362 bp upstream of the transcription start site), 60 bp of the 5'UTR, and 14 bp of the coding sequence of the PsTOP2 gene.

SEQUENCE_ID Ps:TOP2_P3S

REPORTER GUS

STAGE_ORGAN_TISSUE seedling, cotyledon

REGULATOR white light, cold, abscisic acid

COMMENT The minimal TOP2 promoter that is induced by cold.

Transgenic Arabidopsis
The -362 bp TOP2 promoter showed very little stimulation in GUS, if any, in white light, red light, far-red light and blue light as compared to dark grown Arabidopsis seedlings (Hettiarachchi et al., 2003).

Transgenic tobacco
The expression of the -362 bp TOP2 promoter was detectable only in the tobacco cotyledons (Hettiarachchi et al., 2003).

The -362 bp TOP2 promoter showed about a 2-fold higher level of activity at 12 h, with very little induction, if any, up to 4 h of cold treatment of transgenic tobacco seedlings.

The -362 bp TOP2 promoter had no detectable induction by salt or salicylic acid treatment.

The -362 bp TOP2 promoter showed very little induction, if any, at 100 microM abscisic acid and about 2-fold induction at 150 microM abscisic acid (Hettiarachchi et al., 2005).

REFERENCE Hettiarachchi G.H., Yadav V., Reddy M.K., Chattopadhyay S., Sopory S.K. Light-mediated regulation defines a minimal promoter region of TOP2. Nucleic Acids Res., 2003, 31(18), 5256-5265.

PUBMED 12954761

REFERENCE Hettiarachchi G.H., Reddy M.K., Sopory S.K., Chattopadhyay S. Regulation of TOP2 by various abiotic stresses including cold and salinity in pea and transgenic tobacco plants. Plant Cell Physiol., 2005, 46, 1154-1160.

PUBMED 15879449

END

 

TGP_SEQUENCE накапливает информацию о последовательностях промоторов и содержит следующие поля:

 

SEQUENCE_ID: этот идентификатор является уникальным для базы TGP_ PROMOTER; каждый ID содержит аббревиатуру названия вида, аббревиатуру названия гена и номер промотора;

PROMOTER_ID: перекрестная ссылка на соответствующий PROMOTER_ID в таблице промоторов TGP_PROMOTER;

GENE_ID: перекрестная ссылка на соответствующий GENE_ID в таблице генов TGP_GENE;

SEQUENCE: нуклеотидная последовательность промотора и позиции промотора относительно старта транскрипции или старта трансляции, маркированные как +1;

END: конец входа в таблицу TGP_SEQUENCE.

 

Пример:

TGP_SEQUENCE:Ps:TOP2_P3S

 

SEQUENCE_ID Ps:TOP2_P3S

PROMOTER_ID Ps:TOP2_P3

GENE_ID Ps:TOP2

SEQUENCE

 -362 ttaa taaccctagt ttgacactat aaatactaaa gatgctggtg aatgaaagaa
gaaaaccaac agatgcctag cgcgtagccc cgaaatgccc tctctcttca ctctccacct
accaacaacc ggataccccc acgtgtagtc caacaaaaac attaaaagac acactgccag
aactgataca acaacacaca ctcacaaaat caccatcctc ctcaccctcc atctctctcc
acctgctccc tccactctca atccgccgaa aaagcaccac gccggcaacc acaaacctaa
tgcttcctca acctccaatc tccacccttc attcttctcc accgttcgtg tttttatcgt
       +1
tgttcgtcCt cacctccacc caacgacacc aaaaatcctg cgagcaaacc ctcaagccgc
cgcaagccca ccatctaccg tc +74

END

 

TGP_GENE содержит общую информацию об активности и специфичности экспрессии генов, промоторы которых были аннотированы в базе TGP. Эта таблица содержит следующие поля:

 

GENE_ID этот идентификатор является уникальным для базы TGP_ PROMOTER. Каждый описанный ген маркирован ID, который содержит аббревиатуру названия вида и аббревиатуру названия гена;

DATE дата последнего редактирования (день, месяц и год);

AUTHOR имя аннотатора;

GENE короткое, полное название гена и синонимы;

PRODUCT короткое, полное название продукта гена и синонимы;

TAXON таксономическая классификация вида;

SPECIES тривиальное и латинское название организма;

KEYWORD ключевые слова;

ACTIVITY описание функциональной активности гена;

PROMOTER_ID перекрестная ссылка на PROMOTER_ID в таблице промоторов TGP_PROMOTER;

SEQUENCE_ID перекрестная ссылка на SEQUENCE_ID в таблице последовательностей TGP_SEQUENCE;

REFERENCE библиографическая ссылка;

PUBMED перекрестная ссылка на базу данных Entrez-PUBMED;

END конец входа в таблицу TGP_GENE.

 

Пример:

TGP_GENE:Ps:TOP2

 

GENE_ID Ps:TOP2

GENE top2

PRODUCT DNA topoisomerase 2, TOP2, TOPII

TAXON Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; core eudicotyledons; rosids; eurosids I; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae; Vicieae; Pisum.

SPECIES pea (Pisum sativum)

KEYWORDS stress response, salt-induced, cold-induced, abscisic acid-induced, salicylic acid-induced,
white light-induced, red light-induced, far-red light-induced, blue light-induced, cell proliferation

ACTIVITY The topo II transcript level was maximal in actively growing tissues such as root tips and young leaves from the apical region as compared to the differentiated tissues such as the upper part of the root and internodal region of the stem of 7- to 10-day old seedlings. The topo II transcript was also present in the young and mature flower buds and in immature pods. The topo II transcript was abundant in proliferative tissues. The level of topo II transcripts could be stimulated by exogenous application of growth factors that induced proliferation in vitro cultures. The increase in the topo II transcript was seen within an hour after irradiation of etiolated seedlings (Reddy et al., 1999).

 

The expression of TOP2 was more than 10-fold higher in constant white light grown seedlings as compared to the darkness. The expression of TOP2 was induced up to 8-fold by a broad spectrum of light (red, far-red and blue). The rate of blue light-mediated induction of TOP2 was slower when compared to the red light- and far-red light-mediated inductions. The expression of TOP2 was detected to be at the highest level with about 10-fold more as compared to dark in 7-day-old plants. The transcript level significantly decreased in 14-day-old plants and showed only about 3-fold more expression than the dark in 21-day-old plants (Hettiarachchi et al., 2003).

 

In 10-day-old pea seedlings 2.5-fold higher expression of TOP2 mRNA was detected in shoots after 2 h of cold treatment and this increased level remained the same up to 12 h exposure to cold. Although the cold-mediated induction of TOP2 in roots was slower, more than 6-fold induction was observed in roots after 12 h exposure to cold. TOP2 mRNA is up-regulated by salinity stress and the response was stronger in roots (7-fold) compared with shoots (3-fold). The expression of TOP2 was up-regulated in response to exogenous abscisic acid (ABA) and the maximum level of induction was observed at 150 microM ABA in both root (4-fold) and shoot (2.5-fold) tissues. Salicylic acid could induce the maximum level of expression of TOP2 at 100 microM in both shoot (2.5-fold) and root (6-fold) tissues. No significant change in the expression of TOP2 in 10-day-old pea seedlings under dehydration stress was detected (Hettiarachchi et al., 2005).

PROMOTER_ID Ps:TOP2_P1 Ps:TOP2_P2 Ps:TOP2_P3 Ps:TOP2_P4

SEQUENCE_ID Ps:TOP2_P1S Ps:TOP2_P2S Ps:TOP2_P3S Ps:TOP2_P4S

REFERENCE Reddy M.K., Nair S., Tewari K.K., Mudgil Y., Yadav B.S., Sopory S.K. Cloning and characterization of a cDNA encoding topoisomerase II in pea and analysis of its expression in relation to cell proliferation. Plant Mol. Biol., 1999, 41(1), 125-137.

PUBMED 10561074

REFERENCE Hettiarachchi G.H., Yadav V., Reddy M.K., Chattopadhyay S., Sopory S.K. Light-mediated regulation defines a minimal promoter region of TOP2. Nucleic Acids Res., 2003, 31(18), 5256-5265.

PUBMED 12954761

REFERENCE Hettiarachchi G.H., Reddy M.K., Sopory S.K., Chattopadhyay S. Regulation of TOP2 by various abiotic stresses including cold and salinity in pea and transgenic tobacco plants. Plant Cell Physiol., 2005, 46, 1154-1160.

PUBMED 15879449

END