База TGP построена на основе системы SRS. Примеры типовых запросов для базы TGP:
-
Найти промоторы, которые работают в конкретном виде растений (войдите в поле Target species, пример 1);
-
Найти промоторы, на которые влияет конкретный регулятор (войдите в поле Regulator, пример 2);
-
Найти промоторы, которые работают в конкретном виде растений и на которые влияет конкретный регулятор (поля Target species и Keywords и/или Regulator, пример 3);
-
Найти промоторы, выделенные из определенного вида растений (поле PromoterID, пример 4);
-
Найти промоторы, на которые влияют несколько различных регуляторов (пример 5);
-
Найти промоторы, которые активны в определенном органе или ткани (поля STAGE_ORGAN_TISSUE и/или COMMENT);
-
Найти промоторы, которые активны в определенном органе или ткани (поля REGULATOR и STAGE_ORGAN_TISSUE или COMMENT).
Пример 1
Чтобы найти промоторы, которые работают в конкретном виде растений, войдите в поле Target_species
на главной странице таблицы TGP_PROMOTER (отмечено стрелкой 1 на рис. 1). Чтобы просмотреть
список видов трансгенных растений, нажмите кнопку 
.
Например, чтобы найти промоторы, активность которых была проверена в трансгенном ячмене, нажмите гиперссылку barley (hordeum vulgare). Появляется новая страница с идентификаторами промоторов, активных в трансгенном ячмене (ID содержит информацию о соответствующем виде, например, Hv означает Hordeum vulgare, Ta, Triticum aestivum, Td, Triticum turgidum subspecies durum).
Пример 2
Чтобы просмотреть список регуляторов, необходимо выбрать поле Regulator на главной
странице таблицы TGP_PROMOTER (Рис. 1, см. выше). На следующей странице нажмите кнопку
и получите список регуляторов в базе TGP.
|
|
Например, чтобы найти промоторы, чувствительные к низкой температуре, выберите cold и получите список соответствующих входов:
Пример 3
Чтобы найти промоторы, которые активны в конкретном виде растений и активируются конкретным
регулятором, необходимо нажать кнопку 
на странице с типовым
описанием структуры полей TGP_PROMOTER. Появляется страница с поисковой таблицей (Рис. 2).
Рисунок 2. Стандартная поисковая таблица для базы TGP_PROMOTER.
Из раскрывающегося меню combine searches with выберите AND (отмечено стрелкой 1 на Рис. 2).
В левой части поисковой таблице выберите поле Target_species (стрелка 2). В правой части напишите
название вида (например, tobacco, стрелка 3). Затем в левом столбце выберите поле Regulator
(стрелка 2), а в правом напишите соответствующее условие (например, cold, стрелка 3).
Нажмите кнопку 
(стрелка 4). Вы получите список промоторов, активный в табаке при индукции холодом.
Пример 4
Чтобы найти промоторы, которые активны в конкретном виде растений, в левой части поисковой таблицы выберите поле
PromoterID. Введите первые буквы латинского названия вида (например, Os означает Oryza sativa, и т.д.),
нажмите кнопку и проверьте список промоторов.
Пример 5
Чтобы найти промоторы, чувствительные к нескольким регуляторам, например, к этилену и элиситору, выберите
AND из раскрывающегося меню combine searches with (Рис. 3). В правой части поисковой таблицы
выберите поле Regulator (стрелка 2). Напротив в правой части напишите ethylene (стрелка 3).
Затем еще раз выберите поле Regulator (стрелка 2) и напротив справа напишите elicitor (стрелка 3).
Нажмите кнопу (стрелка 4).
Рисунок 3. Стандартная поисковая таблица для комплексного поиска в базе TGP_PROMOTER.
В результате будут найдены два промотора: TGP_PROMOTER:Np:GN1_P1 и TGP_PROMOTER:At:PDF1.2_P1. Нажмите на входы, чтобы посмотреть описания промоторов.
Вы можете получить нуклеотидную последовательность интересующего Вас промотора, нажав на гиперссылку SEQUENCE_ID во входе в промотор. Также можно получить информацию о гене, из которого был получен промотор, нажав на гиперссылку GENE_ID.
Пожалуйста, имейте в виду, что число входов, которые показываются на странице после вашего запроса, Number of entries to display per page может варьировать от 5 до 1000 согласно стандартам SRS.
Каждый промотор сопровождается описанием гена, из которого промотор был выделен. Используя поисковую таблицу TGP_GENE Вы можете:
- Найти гены, которые активируются или репрессируются определенным регулятором (поиск по полям KEYWORDS и ACTIVITY);
- Найти гены, которые экспрессируются в конкретных тканях или на определенных стадиях развития (поиск по полям KEYWORDS и ACTIVITY);
- Найти гены, кодирующие определенный белок (поиск по полю PRODUCT);
- Найти гены конкретного вида (поиск по полю SPECIES);
- Найти гены конкретного вида, чувствительные к определенному регулятору (поиск по полям SPECIES и KEYWORDS и/или ACTIVITY).
Чтобы искать гены с помощью ключевых слов keywords, мы рекомендуем предварительно просмотреть список ключевых слов. Для этого нажмите Keywords в списке полей таблицы TGP_GENE, затем введите * и нажмите кнопку List Values.
|
and occur in at leastentries |
Вы получите список ключевых слов (около 100).
Выберите интересующее Вас ключевое слово (например, abscisic acid-repressed) и получите список IDs соответствующих входов: TGP_GENE:At:CEL5 и TGP_GENE:Hv:LEM2. Чтобы получить больше информации, нажмите на гиперссылки.
Поиск генов по названию
Чтобы найти ген по его названию, в поисковой таблице выберите Gene и введите часть названия гена со звездочкой (чтобы сделать расширенный поиск). Например, ген Delta1-pyrroline-5-carboxylate synthetase 1 может быть обозначен как p5csa, p5cs1 и p5c*.
Нажав на Вы получите вход в ген
TGP_GENE:At:P5CSA.
Комбинаторный поиск
Чтобы найти конкретный ген конкретного организма, Вы должны использовать не менее двух поисковых полей. Например, чтобы найти ген ferritin A. thaliana, напишите mouse в поле “Species” и *fer* в поле “Gene”. Существует возможность более детального поика с использованием логических операторов. Выберите оператор в боксе combine searches with .
Нажав на кнопку , Вы получите ген TGP_GENE:At:Fer1.
Если Вы выберите оператор BUTNOT (combine searches with ), будут найдены гены ferritin других организмов TGP_GENE:Gm:Fer, TGP_GENE:Zm:Fer1.
Поиск генов с определенным паттерном экспрессии
Для того, чтобы найти гены, экспрессирующиеся в определенных тканях или на определенной стадии развиия, надо провести поиск по полям KEYWORDS и ACTIVITY.