Текущий выпуск базы данных TGP содержит описание 289 промоторов и соответствующих 158 генов.
База данных содержит промоторы 27 видов растений. Ниже приведена статистика по 1) видам растений, использованных для выделения промоторов, 2) регуляторам, 3) органам и тканям, в которых промоторы проявляют свою активность, и 4) видом трансгенных растений, использованных для изучения активности промоторов.
Виды растений, использованные для выделения промоторов
|
Виды |
Число промоторов |
Число генов |
1 |
mouse-ear cress, Arabidopsis thaliana |
58 |
34 |
2 |
rice, Oryza sativa |
28 |
19 |
3 |
tobacco, Nicotiana tabacum |
30 |
11 |
4 |
parsley, Petroselinum crispum |
13 |
5 |
5 |
barley, Hordeum vulgare |
14 |
6 |
6 |
curled-leaved tobacco, Nicotiana plumbaginifolia |
6 |
2 |
7 |
maize, Zea mays |
6 |
4 |
8 |
poplar, Populus trichocarpa x Populus deltoides |
4 |
3 |
9 |
sweet potato, Ipomeae batatas |
6 |
2 |
10 |
swollen duckweed, Lemna gibba |
5 |
1 |
11 |
wheat, Triticum aestivum |
61 |
40 |
12 |
clove pink, Dianthus caryophyllus |
4 |
1 |
13 |
wild potato, Solanum commersonii |
2 |
2 |
14 |
potato, Solanum tuberosum |
6 |
4 |
15 |
monterey pine, Pinus radiata |
4 |
4 |
16 |
pea, Pisum sativum |
8 |
3 |
17 |
fava bean, Vicia faba |
3 |
1 |
18 |
oat, Avena sativa |
3 |
1 |
19 |
pepper, Capsicum annuum |
3 |
1 |
20 |
soybean, Glycine max |
3 |
2 |
21 |
tomato, Lycopersicon esculentum |
9 |
2 |
22 |
alfalfa, Medicago sativa |
2 |
1 |
23 |
barrel medic, Medicago truncatula |
2 |
1 |
24 |
bean, Phaseolus vulgaris |
2 |
1 |
25 |
madagascar periwinkle, Catharanthus roseus |
1 |
1 |
26 |
strawberry, Fragaria x ananassa |
1 |
1 |
27 |
wheat, Triticum turgidum subspecies durum |
5 |
5 |
Регуляторы
|
Регуляторы |
Число промоторов |
|
Гормоны |
|
1 |
salicylic acid |
23 |
2 |
abscisic acid |
30 |
3 |
jasmonic acid |
14 |
4 |
ethylene |
11 |
5 |
auxin |
8 |
6 |
brassinolide |
2 |
7 |
gibberellin |
5 |
8 |
cytokinin |
1 |
|
Условия среды |
|
9 |
cold |
33 |
10 |
salt (NaCl) |
13 |
11 |
Pi-starvation |
2 |
12 |
heat shock |
3 |
13 |
anaerobic conditions |
2 |
14 |
dehydration |
2 |
15 |
flooding |
3 |
16 |
drought |
11 |
17 |
osmotic stress (mannitol) |
2 |
|
Инфекции |
|
18 |
elicitor |
36 |
19 |
tobacco mosaic virus |
14 |
20 |
wounding |
17 |
21 |
Heavy metal |
12 |
22 |
Fe |
6 |
23 |
Hg |
4 |
24 |
Cd, Hg, Cu, Zn, Ag, Pb, Co, Mn |
1 |
25 |
Oxidative stress |
6 |
26 |
hydrogen peroxide |
3 |
27 |
paraquat |
3 |
28 |
DNA damage agent, mitomycin C |
2 |
|
Освещение |
|
29 |
white light |
10 |
30 |
red light |
8 |
31 |
far-red light |
8 |
32 |
UV light |
2 |
33 |
gamma irradiation |
1 |
34 |
high light |
2 |
35 |
blue light |
2 |
|
Sugar |
|
36 |
sucrose |
11 |
37 |
glucose |
6 |
38 |
sugar deprivation |
2 |
39 |
senescence |
7 |
40 |
ripening |
3 |
41 |
ozone |
1 |
Органы и ткани растений, в которых промоторы проявляют свою активность
|
Органы и ткани растений |
Число промоторов |
1 |
Seed |
51 |
2 |
Root |
73 |
3 |
Leaf |
141 |
4 |
Embryo |
15 |
5 |
Endosperm |
21 |
6 |
Stem |
36 |
7 |
Vascular |
47 |
8 |
Shoot |
5 |
9 |
Flower |
29 |
10 |
Pollen |
25 |
11 |
Fruit |
4 |
12 |
Aleurone |
5 |
13 |
Epidermis |
17 |
14 |
Cotyledon |
13 |
15 |
Parenchyma |
6 |
16 |
Meristem |
10 |
17 |
Phloem |
16 |
18 |
Anther |
12 |
19 |
Tuber |
7 |
20 |
Hypocotyl |
9 |
21 |
Nodule |
5 |
22 |
Cambium |
8 |
23 |
Sepal |
4 |
24 |
Tapetum |
4 |
25 |
Xylem |
10 |
26 |
Epicarp |
4 |
27 |
Ovary |
6 |
28 |
Coleoptile |
7 |
29 |
Carpel |
2 |
30 |
Lemma |
10 |
31 |
Pericarp |
7 |
32 |
Stamen |
3 |
33 |
Glume |
7 |
34 |
Auricle |
1 |
35 |
Cortex |
2 |
36 |
Ligule |
1 |
37 |
Palea |
10 |
38 |
Primordia |
5 |
39 |
Silique |
5 |
40 |
Stigma |
4 |
41 |
Inflorescence |
10 |
Виды трансгенных растений, использованные для изучения активности промоторов
|
Виды трансгенных растений |
Число промоторов |
1 |
tobacco, Nicotiana tabacum |
100 |
2 |
mouse-ear cress, Arabidopsis thaliana |
76 |
3 |
rice, Oryza sativa |
34 |
4 |
parsley, Petroselinum crispum |
17 |
5 |
barley, Hordeum vulgare |
15 |
6 |
potato, Solanum tuberosum |
8 |
7 |
swollen duckweed, Lemna gibba |
5 |
8 |
maize, Zea mays |
9 |
9 |
alfalfa, Medicago sativa |
3 |
10 |
hairy vetch, Vicia hirsuta |
3 |
11 |
tomato, Lycopersicon esculentum |
9 |
12 |
soybean, Glycine max |
2 |
13 |
barrel medic, Medicago truncatula |
1 |
14 |
poplar, Populus tremula x Populus alba |
1 |
15 |
strawberry, Fragaria x ananassa |
1 |
16 |
wheat, Triticum aestivum |
26 |
17 |
white clover, Trifolium repens |
1 |
18 |
canola, Brassica napus |
1 |
19 |
cassava, Manihot esculenta |
1 |
20 |
chrysanthemum, Dendranthema x grandiflorum |
1 |
21 |
creeping bentgrass, Agrostis stolonifera |
1 |
22 |
flax, Linum usitatissimu |
1 |
23 |
lettuce, Lactuca sativa |
1 |
24 |
petunia, Petunia x hybrida |
3 |
25 |
tobacco, Nicotiana alata |
1 |
26 |
wild potato, Solanum commersoni |
2 |
27 |
winter barley, Hordeum vulgare |
7 |
28 |
wheat, Triticum turgidum subspecies durum |
4 |
29 |
cucumber, Cucumis sativus |
1 |
30 |
pea, Pisum sativum |
1 |
31 |
pepper, Capsicum annuum |
1 |
32 |
rape, Brassica napus |
1 |
33 |
rye, Secale cereale |
1 |